MacDonald bereikte de Japanse zee op de walvisvaarder Plymouth. Hij liet zich eind juni 1848 iets ten Noord-Westen van Hokkaido afzetten in een roeibootje met wat proviand en andere broodnodige voorzieningen, zoals een pistool. Hij strandde op het kleine eiland Yagishiri maar trof daar geen mensen aan. Vervolgens zette hij zijn reis voort naar Rishiri, waar hij werd opgevangen door Ainu, oorspronkelijke bewoners van dit deel van de wereld. Zij moesten hem overdragen aan de Japanse autoriteiten. En die, tenslotte, verscheepten MacDonald via Kaap Sōya en Matsumae op Hokkaido, het kleine eiland Hikoshima en Yobuko op Kyūshū naar Nagasaki.